สังคมในยุคโลกาภิวัตน์นั้น เป็นโลกไร้พรมแดนที่ข้อมูลข่าวสารสามารถเข้าถึงบุคคลทุกกลุ่มทั่วโลก ดังนั้น ผู้ที่มีอิทธิพลต่อความคิดของชาวโลกคือ ผู้ที่มีปัญญา สามารถที่จะให้ข้อมูล ชี้ทิศทางความเป็นไปของโลกได้อย่างมีประสิทธิภาพ เราจึงกล่าวได้ว่า ยุคนี้เป็นโลกของผู้มีปัญญา ที่จะสามารถนำพาโลกใบนี้เป็นไปในทางทิศทางที่ถูกต้องสามารถสร้างสันติสุขให้เกิดกับโลกใบนี้ได้

ด้วยเหตุนี้ ทางวัดพระธรรมกาย ซึ่งได้ให้ความสำคัญในการฝึกฝนอบรมบุคลากรภายในวัด ให้มีความพร้อมทั้งพลังกาย พลังใจ และพลังสติปัญญาที่จะนำพระธรรมคำสอนขององค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าเผยแผ่ออกไปทั่วโลก เพื่อมุ่งหวังให้พระสัทธรรมนำมาซึ่งความสุขของผู้คนทั่วโลก สถาบันธรรมชัยจึงได้ก่อตั้งขึ้นตั้งแต่ปี พ.ศ. 2538 เพื่อวางแผนดำเนินการจัดการเรียนการสอนระดับอุดมศึกษาถวายแด่พระภิกษุและสามเณรวัดพระธรรมกาย ในหลักสูตรปริญญาพุทธศาสตรบัณฑิต (Bachelor of Buddhism, B.B.) จนกระทั่ง พ.ศ. 2541 ได้มีพระนิสิตเข้าศึกษาเป็นชุดแรก ตามดำริและนโยบายของพระเดชพระคุณพระราชภาวนาวิสุทธิ์ (หลวงพ่อธัมมชโย) ที่เมตตาให้พระนิสิตได้ศึกษาธรรมะ ทั้งในด้านปริยัติ ปฏิบัติ ปฏิเวธ จนเป็นผู้อุดมด้วย ศีล สมาธิ ปัญญา เพื่อให้มีเกียรติภูมิยิ่งกว่าการรับปริญญาบัตรที่จะพึงได้จากการศึกษาทางโลก ต่อมาในปี พ.ศ. 2543 ได้มีการเปิดรับสามเณรที่เรียนปริยัติธรรมแผนกสามัญจนกระทั่งจบระดับมัธยมศึกษาตอนปลาย เข้าศึกษาต่อในสถาบันธรรมชัยอีกด้วย

สถาบันธรรมชัยได้จัดการสอนปริยัติในเชิงลึก เพื่อนำไปสู่ภาคปฏิบัติ นิสิตของสถาบันฯ จึงมีโอกาสที่จะศึกษาปริยัติควบคู่ไปกับการปฏิบัติ และฝึกฝนตนเองผ่านการใช้สอยปัจจัยสี่ กิจวัตรประจำวัน และกิจกรรมต่าง ๆ ในส่วนของการเรียนนั้น นิสิตชั้นปีที่ 1-2 จะได้ศึกษาวิชาพื้นฐาน เช่น พระไตรปิฎกเบื้องต้น ภาษาไทย ภาษาอังกฤษ คอมพิวเตอร์เบื้องต้น จิตวิทยา กฎหมาย และการปกครองคณะสงฆ์ นิสิตชั้นปีที่ 3-4 จะได้รับโอกาสในการเลือกสาขาวิชาตามความถนัดของตนเอง โดยมี 3 สาขา ได้แก่ สาขาวิชาเผยแผ่ สาขาวิชาพุทธศาสตร์ และสาขาวิชาเทคโนโลยีการเผยแผ่พุทธธรรม

สาขาเผยแผ่ เป็นหลักสูตรที่มุ่งให้นิสิตเป็นพระที่มีความรู้ความสามารถในการเผยแผ่พระพุทธศาสนา ทั้งในประเทศและต่างประเทศ  มีการเรียนการสอนวิชาการเขียนหลักสูตร  วิชาการเทศน์สอน  วิชาการผลิตสื่อเพื่อการเทศน์สอน เป็นต้น

สาขาพุทธศาสตร์ เป็นหลักสูตรที่มุ่งเน้นให้นิสิตเป็นผู้มีความรู้ความเข้าใจหลักคำสอนพระพุทธศาสนาในเชิงลึก  สามารถเป็นนักวิชาการทางศาสนาได้  มีการเรียนการสอนวิชาหลักพุทธธรรม  พุทธปรัชญา  อรรถกถาพระไตรปิฎก เป็นต้น

สาขาเทคโนโลยีการเผยแผ่พุทธธรรม เป็นหลักสูตรที่มุ่งเน้นให้นิสิตเป็นผู้มีความรู้ความสามารถ  ในการใช้เทคโนโลยีผลิตสื่อและโปรแกรมคอมพิวเตอร์ที่จำเป็นในการเผยแผ่ มีการเรียนการสอนวิชาองค์ประกอบศิลป์ วิชาเทคโนโลยีภาพเคลื่อนไหวระบบดิจิตัล  วิชาการออกแบบเว็บไซต์  วิชาการผลิตสื่อโฆษณาและประชาสัมพันธ์ เป็นต้น

นอกจากนี้ นิสิตทุกสาขาวิชาจะได้เรียนพระบาลีเพื่อให้เข้าใจภาษาที่รักษาคำสอนในพระพุทธศาสนาและสอบบาลีสนามหลวง  เรียนวิชาสมาธิเพื่อให้เข้าใจหลักปฏิบัติที่มีในพระไตรปิฎก  และหลักการปฏิบัติที่มหาปูชนียาจารย์สอนไว้อย่างถูกต้อง  ควบคู่ไปกับการปฏิบัติธรรมเพื่อให้เข้าถึงพระธรรมกาย  และวิชาศิลปะการฝึกฝนตนตามพุทธวิธีเพื่อให้นิสิตได้เรียนรู้วัฒนธรรมองค์กรและมโนปณิธานของมหาปูชนียาจารย์ ในระหว่างปิดภาคเรียน สถาบันธรรมชัยได้ส่งนิสิตทุกชั้นปีไปฝึกประสบการณ์ตามโครงการอบรมภาคฤดูร้อน ทั้งภายในวัดพระธรรมกาย  และศูนย์สาขาภายในประเทศเพื่อให้นิสิตมีประสบการณ์ในการทำงานและได้ใช้ความรู้ความสามารถที่ได้เรียนมา

ปัจจุบัน สถาบันธรรมชัยยังได้เปิดให้การศึกษาในระดับปริญญาโทในสาขาพุทธศาสตร์ศึกษา เปิดโอกาสให้บุคคลภายนอกที่มีคุณสมบัติครบถ้วน ที่สนใจในการศึกษาพระพุทธศาสนาสามารถเข้ามาศึกษาได้ โดยได้เรียนเชิญคณาจารย์ผู้ทรงคุณวุฒิ ทั้งภายในและภายนอกสถาบัน จากทั้งภายในและต่างประเทศเพื่อให้คำแนะนำและสอนในรายวิชาต่าง ๆ นิสิตทุกท่านจึงได้รับความรู้อย่างเต็มเปี่ยม ในอนาคตยังมีเป้าหมายที่จะเปิดการศึกษาในระดับปริญญาเอกต่อไปอีกด้วย เพื่อให้สามารถผลิตบุคลากรทางพระพุทธศาสนาได้อย่างกว้างขวาง และนำสิ่งที่ได้เรียนรู้นี้ไปค้นคว้าวิจัย ให้ได้องค์ความรู้ใหม่ ๆ ที่มีคุณประโยชน์ต่อมวลมนุษยชาติ และนำออกเผยแพร่เพื่อให้เป็นประโยชน์ต่อชาวโลกต่อไป

สถาบันธรรมชัยได้ผลิตบุคลากรเพื่อการสืบทอดคำสอนในพระพุทธศาสนามาแล้วเป็นจำนวนมาก บุคลากรเหล่านี้สามารถนำธรรมะขององค์สมเด็จพระสัมมาสัมพุทธเจ้าไปใช้ในการดำเนินชีวิต การบำเพ็ญสมณกิจ และการบำเพ็ญสมณธรรม เพื่อให้เกิดสุตตมยปัญญา คือปัญญาจากการฟังและการอ่าน จินตมยปัญญา คือปัญญาจากการคิดพิจารณา และภาวนามยปัญญา คือปัญญาอันเกิดจากการทำสมาธิ ทั้งนี้เพื่อการทำพระนิพพานให้แจ้ง และสามารถแนะนำธรรมะให้กับผู้อื่น ในเบื้องต้นนั้นก็เพื่อให้ชาวโลกสามารถดำเนินชีวิตอย่างมีความสุข ไปจนกระทั่งสามารถที่จะปิดอบาย เปิดสวรรค์ และเข้าถึงพระนิพพานอันเป็นเป้าหมายสูงสุดของมนุษย์ทุกคนได้ในที่สุด