การปฏิบัติธรรมถือเป็นหัวใจสำคัญของวัดพระธรรมกาย แม้ทางวัดจะจัดให้มีกิจกรรมทางพระพุทธศาสนาอยู่มากหลาย ทุกกิจกรรมล้วนเป็นไปเพื่อฝึกหัดขัดเกลาจิตใจสาธุชนไปตามเส้นทางของอริยมรรค ซึ่งเกื้อหนุนให้บรรลุเป้าหมายของการเกิดมาเป็นมนุษย์ได้ในที่สุด อย่างไรก็ตาม การปฏิบัติธรรมเพื่อให้เข้าถึงพระธรรมกายนั้น ผู้ปฏิบัติจะมีโอกาสก้าวหน้าเป็นอย่างมาก หากได้เข้าร่วมโครงการอบรมที่จัดหลักสูตรไว้โดยเฉพาะ เพราะการปฏิบัติธรรมให้ได้ผลดีนั้นจำเป็นต้องอาศัยองค์ประกอบหลายประการ ทั้งระยะเวลา ที่พักอาศัย อาหารการกิน บุคคลรอบข้าง รวมถึงคำสอนและข้อแนะนำ ที่จะเกื้อหนุนให้เข้าถึงธรรมได้โดยง่าย ด้วยเหตุนี้เอง พระเดชพระคุณพระราชภาวนาวิสุทธิ์ (หลวงพ่อธัมมชโย) จึงดำริให้มีโครงการปฏิบัติธรรมพิเศษสำหรับกัลยาณมิตรขึ้น เพื่อจัดอบรมการปฏิบัติธรรมให้แก่ผู้สนใจ โดยสร้างสิ่งแวดล้อมอันเหมาะสม เป็นสัปปายะในทุก ๆ ด้าน ก่อให้เกิดความสบายทั้งในด้านสถานที่ อาหาร บุคคล และธรรมะ

จุดกำเนิดของโครงการปฏิบัติธรรมพิเศษสำหรับกัลยาณมิตรนั้นเริ่มต้นจากการปฏิบัติธรรมของบุคคลกลุ่มเล็ก ๆ ซึ่งพระเดชพระคุณหลวงพ่อธัมมชโยได้เมตตานำปฏิบัติธรรมด้วยตัวท่านเอง และได้มีการหมุนเวียนไปใช้สถานที่ต่าง ๆ ที่มีบรรยากาศสดชื่นใกล้ชิดธรรมชาติ เช่น วนอุทยานแห่งชาติดอยสุเทพ ภูเรือ ภูกระดึง เป็นต้น นับตั้งแต่ปี พ.ศ. 2525 เรื่อยมา จนกระทั่งถึงปี พ.ศ. 2535 จึงได้มีการสร้างสถานที่เพื่อรองรับการปฏิบัติธรรมเป็นการถาวร คือ สวนพนาวัฒน์ อ. ฮอด จ. เชียงใหม่ ซึ่งได้รับการออกแบบให้มีการอำนวยความสะดวกสบาย สะอาด ร่มรื่น อยู่ท่ามกลางธรรมชาติ และสงบเงียบ สามารถรองรับผู้ปฏิบัติธรรมได้ครั้งละหลายร้อยคน และในเวลาต่อมา เมื่อมีจำนวนผู้ใช้สถานที่ปฏิบัติธรรมมากขึ้น จึงมีความจำเป็นต้องสร้างสถานที่ปฏิบัติธรรมเพิ่มเติม คือ สวนป่าหิมวันต์ อ. ภูเรือ จ. เลย และ World Peace Valley ที่เขาใหญ่ จ. นครราชสีมา นอกจากนี้ยังมีการเช่าสถานที่อันเหมาะสมอื่น ๆ เพื่อใช้ในการปฏิบัติธรรมในระยะสั้นด้วย นอกจากความเหมาะสมในด้านสถานที่และอาหารแล้ว โครงการฯยังจัดให้มีพระอาจารย์และพี่เลี้ยงอุบาสกอุบาสิกาที่มีความรู้และประสบการณ์ด้านธรรมปฏิบัติ สามารถให้คำแนะนำ ตอบข้อสงสัย ให้การอบรมธรรมะ และให้แนวทางในการแก้ไขปัญหาด้านการปฏิบัติธรรมอีกด้วย เนื่องจากโครงการสามารถเอื้ออำนวยให้ผู้ปฏิบัติสามารถเข้าถึงความสุขที่แท้จริงภายในและมีประสบการณ์ภายในจากการปฏิบัติธรรม จึงทำให้โครงการได้รับความนิยม มีผู้เข้าร่วมปฏิบัติธรรมเป็นจำนวนมาก นับตั้งแต่ปี พ.ศ. 2536 ถึง พ.ศ. 2553 โครงการปฏิบัติธรรมพิเศษสำหรับกัลยาณมิตรได้ให้การอบรมการปฏิบัติธรรมเพื่อการเข้าถึงพระธรรมกายแก่สาธุชนรวมกว่า 600 รุ่น มีผู้ปฏิบัติธรรมจำนวนกว่า 150,000 คน ครอบคลุมบุคคลทุกระดับชั้น หลากหลายสาขาอาชีพ จากทั้งภายในและต่างประเทศ